Кандидат физико-математических наук, до 1980 года работал старшим научным сотрудником в Институте океанологии АН СССР.

Созданный им еще в студенческие годы театр-студия в результате стал профессиональным и в 1986 году получил статус государственного (Театр "На досках"). Его спектакли, начиная с 80-х годов, вызывали большой интерес в российском и зарубежном театральном мире. Сергей Кургинян до сих пор является главным режиссером и постановщиком спектаклей театра.

Организовал и возглавил в 1989 году корпорацию "Экспериментальный творческий центр", а затем Международный общественный фонд "Экспериментальный творческий центр" (Центр Кургиняна). Автор книг "Постперестройка", "Седьмой сценарий", "Lessons of bloody October", "Россия: власть и оппозиция", а также сотен аналитических и публицистических статей в российской и зарубежной прессе.

Является главным редактором выпускаемого Центром с 1993 года научно-публицистического журнала "Россия-XXI" и начавшего выходить с весны 1998 года альманаха "Школа целостного анализа".

Руководит интеллектуально-дискуссионным клубом "Содержательное единство" и рядом политико-аналитических семинаров.

Занимается анализом политических процессов в России и мире, исследованиями посткапиталистических идеологий, проблемами политической философии и стратегии принятия решений.